Categoriearchief: ICT

Digitale infrastructuur voor pathologisch onderzoek

Bij Nemo Kennislink verschenen: “Digitale infrastructuur voor pathologisch onderzoek” van onderzoeksconsortium tEPIS. Voor deze uitgave over bestandsdeling van hele grote beeldbestanden voor pathologen deed ik de hoofd/eindredactie en schreef ik alle verhalen.

tekst & redactie René Rector, Sciencestories.nl

Kennislink bestandsdeling tEpis in vogelvlucht
Spread “tEpis in vogelvlucht”

Praktisch gezien is op grote schaal samenwerken voor pathologen lastig. Hun object van studie bestaat uit flinterdunne plakjes weefsel onder de microscoop. Samen kijken betekent dat je naast elkaar moet gaan zitten. Tot voor kort. Pathologen kunnen nu in de cloud.

tEPIS, de kleinste van de zes LSH-FES onderzoeksconsortia, zette als onderzoeksgroep haar tanden in een netelig probleem: om op afstand met elkaar samen te werken moeten pathologen microscoopglaasjes met weefselcoupes naar elkaar opsturen of toebrengen, met de kans dat het zoek raakt of beschadigt. Of je moet microscoopbeelden digitaliseren. Tot voor kort was dat niet goed mogelijk, maar sinds een paar jaar zijn er scanners die het kunnen. Dat leidt alleen tot zeer grote bestanden (5GB). Even een foto-tje mailen is er niet bij, zodat in plaats van microscoopglaasjes tot nu toe harde schijven met beeldbestanden op de post gingen.

Bestandsdeling

bestandsdeling Tepis Spread Pathologen gaan in de cloud
Spread “Pathologen gaan in de cloud”

tEPIS ontwikkelde een techniek waarmee die bestanden wel naar de andere kant van de wereld kunnen via het internet. Dat werkt ongeveer zo als bij Google maps: een patholoog zoekt op zijn scherm de gedigitaliseerde foto van een weefselcoupe af tot hij/zij iets ziet dat interessant is. Zodra er wordt ingezoomd, wordt gedetailleerder beeld (maar alleen van het kleine stukje van de foto dat in beeld is) via het web binnengehaald.

Klinkt misschien eenvoudig, maar naast de enorme omvang van de foto’s speelde beveiliging van gegevens een grote rol bij het ontwerp van het systeem voor bestandsdeling. Het is immers niet de bedoeling dat een hacker foto’s van tumorweefsel van meneer Jansen van het web kan plukken, bestandsdeling Tepis cover ENmaar het is wèl de bedoeling dat medici kunnen terugvinden bij welke patiënt de analyse van een patholoog hoort.

Behalve de hoofd/eindredactie nam ik voor deze uitgave ook alle verhalen voor mijn rekening. Het boek werd in opdracht van Topsector Life Sciences & Health in twee talen geproduceerd door:
Nemo Kennislink | bestandsdeling

PC Magazine

PC Magazine is een tijdschrift dat zowel in Vlaanderen als in Nederland verscheen. Voor PC Magazine was ik een tijd corrector. In die periode heb ik samen met de eindredacteur belangrijke slagen gemaakt in het stroomlijnen van schrijfwijzen van kilobytes, kilobits, Kb’s en KB’s, maar ook in het vertalen van Vlaams in Nederlands.

Het merendeel van het Vlaams is prima in het Nederlands te lezen, maar soms hapert de Nederlandse lezer wel. In de bespreking van een nieuw computerspel gaat het bijvoorbeeld in het Vlaams over de ondoden, waar de Nederlandse speler toch vooral door zombies wordt belaagd. Is dat Vlaams niet naar uw goesting, dan is Nederlands waarschijnlijk meer uw smaak.

De lijst verschillen in Nederlands en Vlaams viel uiteen in een paar categorieën:

1) onbekend in de andere taal:

Waar Vlamingen over KMO schrijven, bestaat in Nederland het MKB. Vlaams is ook: ‘resem’, ‘rist’, ‘veil’, waar Nederlands het heeft over ‘reeks’, ‘rits’, ‘over(gebleven)’.

2) een betekenisverschil:

‘Evident’ is in het Vlaams een heel gewoon woord, terwijl het in het Nederlands erg deftig klinkt (en daardoor uit de toon valt bij de rest van het magazine). Zo ook verwittigen/waarschuwen, dispuut/meningsverschil, waaier/scala.

3) ongebruikelijk gebruikt:

Vlaams: contacteren, bekomen, nood hebben aan. Ter vergelijk het Nederlands: contact opnemen met, bereiken of krijgen, nodig hebben.

Het magazine bestaat in online-variant nog steeds:

PC Magazine